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Metagenómica
El analisis metagenomico es el estudio del material genético recuperado directamente de muestras ambientales. Esto es útil cuando se intenta comprender qué microbios están presentes y qué hacen en un entorno concreto.
Algunos ejemplos comunes de muestras son
¿Por qué metagenómica?
Los métodos convencionales de estudio de los microbiomas son extremadamente deficitarios: la inmensa mayoría de los microbios no pueden cultivarse en placas debido a muchos factores que desconocemos por completo.
El flujo de trabajo tradicional consistía en recoger la muestra, platearla y secuenciar lo que crecía, con la limitación principal de que sólo se puede secuenciar lo que crece. La tecnología actual nos permite prescindir por completo del paso de cultivo y, en su lugar, extraer ácidos nucleicos directamente de una muestra, lo que permite acceder teóricamente al 100% del contenido genético de la muestra.
Con esta nueva metodología, toda la población microbiana puede tenerse en cuenta para las siguientes cuestiones, que se plantean en todos los proyectos de metagenómica:
Poder responder a estas preguntas nos permite definir un microbioma "sano" que luego podemos utilizar para tratar enfermedades, proteger y cultivar mejor, limpiar vertidos de petróleo y muchas otras aplicaciones.
Existen dos tipos de enfoques metagenómicos: La secuenciación dirigida y la secuenciación metagenómica de escopeta. La primera está desapareciendo a medida que bajan los costes de secuenciación y mejora la tecnología, pero se sigue utilizando con frecuencia, ya que cada enfoque tiene sus pros y sus contras. Sin embargo, ambos pueden responder a la pregunta de quién está en su muestra, pero sólo la metagenómica shotgun puede abordar realmente su función.
El analisis metagenomico es el estudio del material genético recuperado directamente de muestras ambientales. Esto es útil cuando se intenta comprender qué microbios están presentes y qué hacen en un entorno concreto.
Algunos ejemplos comunes de muestras son
¿Por qué metagenómica?
Los métodos convencionales de estudio de los microbiomas son extremadamente deficitarios: la inmensa mayoría de los microbios no pueden cultivarse en placas debido a muchos factores que desconocemos por completo.
El flujo de trabajo tradicional consistía en recoger la muestra, platearla y secuenciar lo que crecía, con la limitación principal de que sólo se puede secuenciar lo que crece. La tecnología actual nos permite prescindir por completo del paso de cultivo y, en su lugar, extraer ácidos nucleicos directamente de una muestra, lo que permite acceder teóricamente al 100% del contenido genético de la muestra.
Con esta nueva metodología, toda la población microbiana puede tenerse en cuenta para las siguientes cuestiones, que se plantean en todos los proyectos de metagenómica:
Poder responder a estas preguntas nos permite definir un microbioma "sano" que luego podemos utilizar para tratar enfermedades, proteger y cultivar mejor, limpiar vertidos de petróleo y muchas otras aplicaciones.
Existen dos tipos de enfoques metagenómicos: La secuenciación dirigida y la secuenciación metagenómica de escopeta. La primera está desapareciendo a medida que bajan los costes de secuenciación y mejora la tecnología, pero se sigue utilizando con frecuencia, ya que cada enfoque tiene sus pros y sus contras. Sin embargo, ambos pueden responder a la pregunta de quién está en su muestra, pero sólo la metagenómica shotgun puede abordar realmente su función.