Jajajaja...
La verdad es que la gente peca de ignorante, ya que no existe ningún motivo para que un SO determinado dañe tu disco duro hasta llevarlo a la muerte.
Una cosa es tener un disco duro dañado y otra muy distinta es no saber que está dañado.
Si Ubuntu o cualquier distro de GNU/Linux dañara tu disco duro, habrían millones de personas a lo largo y ancho del mundo con sus discos destruidos.
Uno puede tener el disco duro hecho trizas y wintendo ni chistará, por lo que la pérdida de información, bajo rendimiento, pantallazos, etc. Sin sentido aparente, pueden encontrar su razón allí.
El mal uso de un disco duro, como son los goles, movimientos bruscos cuando trabaja, en especial con Laptops, altas cantidades de horas de trabajo etc. Son cosas que realmente dañan tu Disco Duro.
Deberías agradecer que Ubuntu te avisó antes para que respaldes tu info. Yo indagué bastante en este aspecto cuando quise instalar Ubuntu en el laptop de un amigo y me di cuenta la cagadita que tenía en el HD, y eso que aún no tenía Ubuntu instalado, sólo corrí el Live CD sobre la RAM y lo analicé, algo que siempre hago, por precaución, para que no venga gente a decirme que por culpa de Ubuntu su HD murió. Tenía más de 3500 secciones defectuosas, así que procedimos a respaldar y se tuvo que comprar un HD nuevo. Desde entonces comprendió que debía ciudar su máquina.
Ese mito que menciona Mrchanzo se fundamenta en el hecho de que varias personas que han instalado GNU/Linux por primera vez se han encontrado con este mensaje -cosa que w$ no hace sin herramientas externas-, y al ser primera vez, suponemos que no tienen mucha experiencia en informática y computación, creen que es culpa del extraño, es decir, GNU/Linux, sin saber que ya tenían dañado su disco, sólo era cosa de tiempo.
La gente cree que los problemas no existen si no los ven.
Insisto, deberías agradecer de corazón a Ubuntu que trató de salvar tus cosas y no hacer un gracias irónico.