Cifras de positividad que difunde Minsal no calzan con registros de laboratorios y Seremi

El 13 de abril pasado los laboratorios que procesan exámenes PCR en la Región Metropolitana recibieron un preocupante correo electrónico desde el Ministerio de Salud (Minsal). Ese mensaje confirmó algo que los directores de esos laboratorios sospechaban desde hacía meses: los resultados de exámenes PCR que ellos reportaban no cuadraban con los registros oficiales que el ministerio informa a diario. En otras palabras, el correo dejó en evidencia el desorden con que se llevaban los registros de exámenes PCR. Y estos registros son el insumo básico para calcular la positividad, uno de los indicadores más relevantes para medir la evolución de la pandemia.

La positividad muestra el porcentaje del total de los exámenes procesados que dio positivo. Este es uno de los antecedentes que se tienen en consideración para incrementar o relajar las medidas que limitan la movilidad de los ciudadanos, como definir qué comunas entran o salen de cuarentena. Sin un manejo prolijo de los registros de exámenes PCR procesados, el indicador de positividad tampoco puede ser confiable. Y eso significa que las autoridades pueden estar tomando decisiones para aplicar o levantar confinamientos sobre cifras erradas.

CIPER analizó los reportes sobre PCR y positividad emitidos desde tres regiones (Atacama, Biobío y Valparaíso) durante marzo pasado. Comprobamos que se ocupan tres sistemas de registro que no “dialogan” entre sí (la Plataforma Nacional de Toma de Muestras, la plataforma Epivigila y archivos Excel que son enviados a diario por los laboratorios al Minsal). Y detectamos diferencias entre la positividad que se calcula a partir de los reportes locales y la que el ministerio asigna a esas regiones en la información que difunde a diario. Se trata de brechas de alrededor de un punto. Por ejemplo, el promedio de la positividad mensual que el Minsal calculó para Valparaíso en marzo fue de 9,85%, pero los reportes locales indican que fue de 10,83%.

A simple vista parece una brecha menor, pero especialistas explican la gravedad de no contar con un manejo estricto de las cifras. Felipe Elorrieta, del Grupo Epidemiológico Matemático de la Usach, señala que “de haber un subreporte de positividad, esto va absolutamente en contra de una adecuada comunicación de riesgo”. Se podría generar, dice, “una falsa sensación de seguridad a la población”. Y destaca que “muchas decisiones (por ejemplo, del Plan Paso a Paso) usan como insumo la positividad. El discurso del control de la pandemia de las autoridades generalmente ha estado asociado a este indicador”.

Jorge Pérez, investigador asociado del Instituto Milenio Fundamento de los Datos e integrante del equipo académico de Icovid, apunta a que lo relevante, más que el valor concreto de la diferencia, es detectar la tendencia de esta: “Lo que necesitas para mirar la pandemia es la variación, no el valor específico. Si (la positividad) es consistentemente 1% mayor o menor, la tendencia a mediano plazo será similar y por lo tanto a nivel de una semana vas a poder tomar una buena decisión”.

Para Juan Carlos Said, máster en Salud Pública del Imperial College de Londres, el problema principal es que exista “una confusión de las bases de datos y de cuántos son los casos totales (…). Tener tres plataformas distintas, una de ellas a través de planillas Excel, no parece ser lo más adecuado. Se debe avanzar a una plataforma integrada”.

CORREO DEL MINSAL: “REPORTE DE BRECHA”
El asunto del e-mail que recibieron los laboratorios el 13 de abril era claro para anunciar el problema: “Reporte de brecha de registros entre Plataforma Nacional de Toma de Muestra y producción diaria reportada a Epidemiología”. La Plataforma Nacional de Toma de Muestra (PNTM) fue creada para que los laboratorios ingresen en ella los resultados de los exámenes. Y la “producción diaria reportada a Epidemiología”, se refiere a las planillas Excel que los laboratorios envían cada día a una casilla electrónica del Minsal con los resultados de los exámenes. Son dos registros que se trabajan en paralelo.

El Minsal, en todo caso, solo utiliza las planillas Excel para dar a conocer a diario el avance de la pandemia. Con los registros de esos archivos se calcula la positividad.

El correo enviado a los laboratorios metropolitanos fue firmado por Marcela Cortés, profesional de la Unidad de Coordinación Nacional de TTA (Testeo, Trazabilidad y Aislamiento), que depende directamente del gabinete del ministro. Según se informó en ese mensaje –al que CIPER tuvo acceso–, cuatro laboratorios no habían reportado todos los resultados de sus exámenes en las planillas Excel utilizadas por el Minsal. Eso significa que entre el 7 y el 11 de abril (periodo considerado en el análisis contenido en el e-mail), los reportes públicos que dio a conocer el ministro Enrique Paris estaban incompletos.

Los cuatro laboratorios que entonces no tenían todos sus exámenes reportados eran los de los hospitales San Juan de Dios, Sótero Del Río, San Borja y Eloísa Díaz.

En total, entre el 7 y el 11 de abril, y solo contando esos cuatro laboratorios de la RM, hubo 1.580 exámenes cuyos resultados no se incluyeron en el reporte público diario y que tampoco se consideraron en el cálculo de la positividad.

CIPER pudo corroborar que las diferencias en las cifras se han repetido al menos en otras tres regiones. Para esta investigación CIPER tuvo acceso a bases de datos internas de las seremi de Salud de Valparaíso y del Biobío, y también del Servicio de Salud de Atacama. Algunas de esas bases de datos se obtuvieron vía Ley de Transparencia, y otras gracias a filtraciones desde los organismos de salud. También conversamos con varios directores de laboratorios a lo largo del país (algunos de ellos solicitaron mantener su identidad bajo reserva) y con los encargados de salud de 14 municipios del norte, centro y sur de Chile.


Ingresamos más de 30 solicitudes de información vía Ley de Transparencia para conocer los resultados de los exámenes PCR registrados por seremis y servicios de salud, pero la mayoría de ellas fueron respondidas con información parcial que no sirve para hacer comparaciones. El Minsal es uno de los organismos públicos con más bajo nivel de respuesta a solicitudes de acceso a información en el último tiempo según los registros del Consejo para la Transparencia, con requerimientos que llevan más de un año en espera y al menos dos sumarios por incumplimientos.

El desorden con que opera el sistema que registra los resultados de los exámenes PCR no afecta solo al cálculo de la positividad. Varios municipios contactados por CIPER señalaron las dificultades que tienen para realizar el seguimiento de los casos positivos (trazabilidad) al no tener una fuente única de información. La existencia de al menos tres sistemas paralelos (la PNTM, la plataforma Epivigila y las planillas Excel) que no dialogan entre sí, ha sido una constante desde el inicio de la pandemia (vea reportaje “El punto débil del combate al Covid: hay tres sistemas para trazar los casos”).

EN ATACAMA OPERAN DISTINTAS BASES DE DATOS
En marzo de este año, CIPER pidió el número total de exámenes PCR, identificando aquellos con resultado positivo, registrados en las bases del Servicio de Salud de Atacama. El registro muestra la evolución diaria de la positividad en Atacama, tanto a nivel comunal como regional. En total, en marzo de 2021, el Servicio de Salud anotó 31.716 exámenes, de los cuales 2.635 resultaron positivos. Eso arroja un promedio de positividad diario de 9,6%, y de positividad mensual total de 8,3% (total de positivos del mes respecto de los exámenes procesados).

En el mismo mes las cifras de Atacama que difundió el Minsal en sus reportes fueron otras: 33.696 muestras totales y 2.323 positivas. Es decir, 1.980 exámenes más, pero 312 positivos menos, que lo registrado en el Servicio de Salud de Atacama.

Obviamente, la positividad reportada públicamente por el Minsal fue más baja: un 8,04% para el promedio diario y una positividad mensual total de 6,89%. Más de un punto por debajo de los cálculos que surgen de la base informada por el Servicio de Salud local.

En una respuesta por escrito, el Minsal explicó a CIPER que “no existen inconsistencias ni errores en las cifras oficiales”, sino que los datos que utilizamos eran erróneos, a pesar de que se trata de información oficial entregada por el Servicio de Salud de Atacama. A continuación, el ministerio agregó:

“El Servicio de Salud y Gestor de la Red Asistencial, solo tiene acceso a información de los laboratorios de los establecimientos públicos u otros en convenio, mientras que Minsal cuenta también con información de laboratorios privados, por lo que esto explica también diferencias entre cantidad de exámenes y casos positivos”.

Lo que no se entiende de esta explicación es por qué el Minsal reportó 312 positivos menos que el Servicio de Salud local, a pesar de tener a su disposición una mayor cantidad de exámenes procesados.

El director del Servicio de Salud de Atacama, Claudio Baeza, entregó a CIPER más antecedentes. El facultativo afirmó que la inconsistencia en los números se debe, además, a que el Minsal hace una limpieza de los casos que le reportan diariamente, con el objetivo de eliminar, por ejemplo, exámenes que se realizaron dos veces a una misma persona.

Consultado por la diferencia en la positividad que se desprende del registro de su Servicio de Salud respecto de lo informado públicamente por el Minsal, Baeza señaló que esa brecha se produciría porque los laboratorios privados informan directamente al ministerio los PCR negativos que ellos procesan:

-El ministerio es el encargado de consolidar la información que nosotros enviamos de los laboratorios de la red asistencial, sean públicos o privados, y que reporta los casos positivos o negativos. Las diferencias entre la información entregada (a CIPER) y la que tiene el Ministerio de Salud es principalmente por los casos negativos de los laboratorios privados que se reportan directamente al ministerio”.

A Flourish data visualization
Claudio Baeza confirmó que el número total de exámenes diarios, así como sus resultados, son enviados desde los laboratorios al Minsal a través de una planilla Excel. Al respecto, señaló: “Estamos implementando como Servicio de Salud la Plataforma Nacional (de Toma de Muestras) para generar el reporte directamente a esta plataforma y así mejorar la información estadística que emana desde la región”.

El ajuste que menciona Baeza no es menor. Se trata de mejorar un sistema que, a más de un año del comienzo de la pandemia, no termina de encajar sus piezas con la celeridad y precisión que se requiere para adoptar decisiones sanitarias correctas.

Técnicos del Servicio de Salud de Atacama explicaron a CIPER que los registros de exámenes totales y sus resultados están contenidos en un repositorio local que ellos llaman “La Copiapó”, mientras que el ministerio extrae los datos desde otra plataforma, denominada Epivigila, que opera a nivel nacional. Pero distintos laboratorios y desde el propio Minsal informaron a CIPER que Epivigila no es considerada una fuente totalmente fiable, ya que no contiene los exámenes que, por ejemplo, se toman sin orden médica. Por ello, se utilizan las planillas Excel enviadas por los laboratorios para confeccionar los reportes públicos del gobierno.

“En definitiva, son distintas bases de datos y no estaría completa ninguna”, concluyeron los profesionales del Servicio de Salud local que conversaron con CIPER.

BIOBÍO: EXÁMENES PROCESADOS FUERA DE LA REGIÓN
CIPER también solicitó a la Seremi de Salud del Biobío el número de exámenes PCR procesados en marzo pasado, y la cifra de resultados positivos. La respuesta fue que durante ese mes se registraron 23.102 resultados positivos, de un universo de 220.842 exámenes procesados. Esto arroja 10,46% de positividad mensual y un promedio de positividad diaria de 10,71%.

Nuevamente, esas cifras no calzan con las informadas públicamente por el Minsal en el mismo período: 22.735 positivos, de un total de 224.813 exámenes, lo que se traduce en 10,1% de positividad mensual y 10,46% en promedio diario.

Para explicar esta diferencia –menor a la registrada en Atacama– el ministerio respondió a CIPER que desconocía la fuente de los datos y la fórmula de cálculo, por lo que no descartaba errores metodológicos. Pero se trata de información oficial aportada por la Seremi de Salud. El Minsal agregó que la diferencia se debe a que la Seremi considera los exámenes tomados y procesados en en Biobío, mientras que el ministerio incluye aquellos que se envían a laboratorios de otras regiones para su procesamiento:

“En el caso de la SEREMI de Biobío, el cálculo de positividad se realiza para gestión local, y ellos definen que el denominador estará dado por muestras tomadas y procesadas en su región, mientras que en el nivel central el denominador solo considera las muestras tomadas en la región. Ambas metodologías están descritas, son válidas, tienen literatura científica de respaldo, y lo importante es que se calcule explicitando el método”.

La pregunta que surge es por qué, si el Minsal tiene una base mayor de exámenes a analizar (procesados dentro y fuera de la región), el registro de la Seremi arroja 367 positivos más que los comunicados por la cartera.



LAS CIFRAS DE VALPARAÍSO
CIPER accedió a la base de datos interna que utiliza la Seremi de Salud de Valparaíso para registrar los exámenes PCR. Ese registro indica que, en marzo de 2021, la positividad diaria promedio en la región fue de 11%, mientras que el Minsal la situó en 10,1%. Respecto de la positividad total del mes, los valores de la Seremi indican que fue de 10,83%, mientras que el Minsal la calculó en 9,85%.

La Seremi anotó 142.752 exámenes en marzo, de los cuales 15.472 fueron positivos. El Ministerio, en tanto, notificó públicamente que se realizaron 164.830 pruebas PCR y que 16.245 fueron positivas.

Tanto la Seremi como el Minsal contestaron que el documento revisado por CIPER “no constituye un insumo formal para calcular la positividad de los casos, dado a que no contiene el diseño para hacer un correcto cálculo de indicadores epidemiológicos”.

A Flourish data visualization
Ambos organismos agregaron que todos los días “el nivel central recepciona los datos reportados desde los laboratorios que procesan PCR para la detección de Sars-CoV-2, basado en un corte horario estandarizado” y que, una vez que eso ocurre, se ejecutan “procesos de validación” que limpian la base de datos de duplicaciones, junto con otras rectificaciones. Esa información, indican el Minsal y la Seremi, “conforman el consolidado diario nacional”.

CIPER solicitó vía Ley de Transparencia los resultados de exámenes totales y positivos registrados por la Seremi de Valparaíso, pero solo respondieron remitiéndonos a la página web donde el Minsal publica las cifras oficiales. Esa respuesta fue apelada ante el Consejo para la Transparencia.

LA BUROCRACIA DE LOS REGISTROS
“Nada conversa con nada. Esto es una cuestión de ir y venir de información, no centralizada, entonces es la planilla Excel de la planilla Excel de la planilla Excel”, comenta a CIPER un encargado de laboratorio sobre el desorden en los registros de resultados de los exámenes PCR.

A fines de abril el Minsal realizó una reunión virtual con todos los actores involucrados en el testeo de los casos Covid. En la cita estaban representantes de los laboratorios, de las seremi y del ministerio. “Era primera vez desde el inicio de la pandemia que había una reunión tan masiva”, señaló uno de los asistentes. Allí se planteó el problema del desorden en las cifras, hubo preguntas sobre qué hacer ante las discrepancias en los números y la postura del Minsal fue que la información oficial seguiría siendo, por el momento, la contenida en los reportes Excel diarios de los laboratorios. Al menos hasta que se consolide la PNTM, una plataforma que no todos usan.

Todos los días los laboratorios que procesan exámenes PCR (actualmente más de 150, entre privados y públicos) deben enviar dos reportes a una dirección de correo del Minsal. El primero va encriptado y tiene todos los datos de los pacientes cuyos exámenes fueron procesados. Esa primera entrega se llama “reporte de laboratorio”. La segunda solo incluye las cifras y los resultados, sin datos personales, y se denomina “reporte presidencial”.

Desde los laboratorios reclaman que tras más de un año de pandemia, siguen ingresando los resultados en bases de datos distintas, ya que los softwares y plataformas dispuestas por la autoridad “no dialogan” entre sí. Hay varios registros en paralelo: uno es la planilla Excel que todos los días envían al Minsal; otro es la Plataforma Nacional de Toma de Muestra (PNTM); también opera la plataforma Epivigila (la interfaz que se usa para hacer seguimiento de los casos Covid) y algunos laboratorios tienen otro sistema informático llamado LIS, que utilizan para ordenar la información sobre los exámenes que procesan.

“Lo que está pasando ahora es un intento de encontrar un formato único. Estamos lejos, pero es un intento de encontrar un formato único de input y output. Para esto tienes que tener un match perfecto, saber que lo que está ingresando y lo que está saliendo se correlaciona con lo que se está notificando”, asegura un director de un laboratorio de Santiago, sobre los intentos de coordinación que impulsa el Minsal.

Según señalaron en el ministerio a CIPER, están trabajando en que todos los laboratorios cumplan con el ingreso de los resultados en la PNTM y que, mientras ello no ocurra, seguirán utilizando el sistema de las planillas Excel (vea aquí la respuesta completa enviada por el Minsal a CIPER).

MUNICIPIOS CON PROBLEMAS DE ACCESO A LA PNTM
Según la Subsecretaría de Salud Pública (ordinario N°2752), toda la red asistencial del país debía incorporarse a la PNTM antes del 30 de septiembre del 2020. Sin embargo, en la práctica, esto aún no ocurre. De hecho, la Directora de Salud y Educación municipal de Vitacura -María José Dominguez Farah- cuando fue consultada por CIPER señaló que esa plataforma no existía.

La PNTM es una plataforma creada para hacer el seguimiento a las muestras de los test PCR y de antígenos y mejorar la trazabilidad de casos sospechosos de Covid. Todos los laboratorios que procesan las muestras deben ingresar los resultados de los test PCR y de antígenos a la plataforma, para que esta información llegue a los centros de salud y pueda realizarse un correcto seguimiento de los casos. Pero en esa entrega de información hacia los centros de salud comunales también hay desorden.

CIPER consultó al Minsal si los servicios de salud comunales conocían todos los resultados de los exámenes PCR (o de antígenos) realizados en su municipio, tanto por laboratorios privados como públicos. En una respuesta por escrito, el ministerio apuntó que “la PNTM tiene configurada clave de acceso y reportería para las comunas, destinadas principalmente a direcciones de salud y corporaciones de salud, quienes tienen acceso a información de todos los centros comunales, públicos y privados que realizan toma de muestras y obtención de resultados para PCR y que se encuentren dentro de su territorio”.

CIPER contactó a 14 municipios y de sus respuestas se concluye que no todas los servicios de salud comunales acceden directamente a los resultados de la PNTM, algunos solo pueden consultar los resultados de exámenes de test antígeno y, en general, aquellas que tienen acceso señalan diferencias en la información que pueden extraer.

Temuco respondió que su área de salud municipal no tiene acceso a la PNTM y que depende exclusivamente de los reportes diarios que les envía la Seremi vía planilla Excel. En Antofagasta y Coronel indicaron que tienen acceso limitado a la plataforma: solo pueden acceder con un perfil para “crear” casos y luego solo pueden visualizar y descargar información relacionadas con esos casos que ingresaron.

Hay otros municipios en los que los centros de salud tienen acceso a la PNTM sólo para rescatar resultados de exámenes de test de antígenos: Punta Arenas, Vitacura y Lo Barnechea. En el caso de la comuna austral, señalaron que utilizan una plataforma de muestras regional en la que deben buscar por RUT del paciente.

Para rescatar los resultados de los exámenes PCR y realizar seguimiento a los casos positivos, Lo Barnechea utiliza Exalab, una plataforma dependiente del Servicio de Salud Metropolitano Oriente que le permite acceder a los exámenes cuyas muestras fueron tomadas en la comuna y que son procesados en los laboratorios hospitalarios de la red. El Minsal aclaró a CIPER que la plataforma que usa Lo Barnechea está conectada con la PNTM y que “los sistemas de gestión de muestras locales como Exalab permiten gestionar procesos con enfoque territorial, por cuanto el uso directo por interfaz de PNTM no es obligatorio si el sistema local tributa su información”.

Un caso que llama la atención es el de Vitacura, donde las respuestas de sus autoridades dejaron en claro que el uso de la PNTM no ha sido total por parte de los distintos actores del área de la salud. María José Domínguez, Directora de Salud y Educación Municipal, cientista política y ex concejala de la comuna (2012-2016), señaló que “no existe una plataforma nacional de toma de muestras, lo que existe es una plataforma llamada Epivigila”. Al aclarársele la existencia de la PNTM, la jefa de prensa de la municipalidad, Paola Delgado, respondió que “el test de antígeno es otro examen que reemplaza al PCR pero se debe realizar solo en algunos casos, esos sí se deben registrar en la PNTM”.

Los centros de salud de las municipalidades de San Joaquín, Quilicura y Renca, utilizan plataformas locales que tributan a la PNTM. Sin embargo, entre ellas hay diferencias: Quilicura accede solo a los exámenes de establecimientos de su comuna; en Renca acceden a la totalidad de las muestras tomadas en la comuna y en San Joaquín a los resultados de las personas residentes en la comuna.

En La Granja la salud municipal tiene acceso a la PNTM, pero decidieron no utilizarla y trabajar directamente con planillas Excel. Su director de Salud, Patricio Villanueva, señaló que el año pasado tuvieron problemas con la plataforma: datos inconsistentes e inestabilidad de la página. Esto, según Villanueva, los llevó a tomar la decisión de informarse a través de planillas Excel enviadas por el Servicio de Salud Sur Oriente, que emanan del Instituto de Salud Pública (ISP), encargado de procesar las muestras de los exámenes correspondientes a la comuna.

Desde La Pintana afirmaron que pueden acceder a la PNTM y conocer los resultados de los exámenes tomados en la comuna y fuera de ella a residentes de ese municipio. En Coquimbo indicaron que tienen acceso a la plataforma a través de una clave comunal y ocho claves de delegados de Epidemiología de los distintos Cesfam, quienes solo pueden ver los datos de casos asociados a esos centros de salud.

En Valparaíso señalaron que la Dirección del Área de Salud tiene un perfil que permite ver los resultados de las muestras tomadas en gran parte de la red pública y privada de Valparaíso.

En la práctica, el uso de la Plataforma Nacional de Toma de Muestras varía según la comuna y el acceso a los resultados diarios de los exámenes PCR continúa siendo nebuloso para algunos centros de salud municipales.

Hasta ahora el sistema que utilizan todos los actores para informarse de los resultados de los exámenes PCR siguen siendo las planillas Excel enviadas por correo electrónico. Esto a pesar de que la Contraloría en junio de 2020 puso sobre la mesa los problemas que ese mecanismo presenta: “Los datos contenidos en tales planillas puedan ser modificados, pues las mismas no poseen mecanismos de control que permitan resguardar la integridad de sus registros”. Un año después, el Minsal aún trabaja en consolidar la plataforma que puede evitar esos riesgos.


Fuente: https://www.ciperchile.cl/2021/06/1...os-de-los-laboratorios-y-las-seremi-de-salud/