En primera, que yo sepa el press militar y el press de banca son ejercicios que apuntan a grupos musculares distintos...
Ahora, si tienes miedo por tus hombros podrías probar 2 métodos: 1- intentar el press militar, pero con resistencia "baja" y apostar por el volumen. Luego, si te sientes cómodo, o derechamente bien, probar a incrementar la resistencia, pero de forma razonable, es decir, incrementos de 2 libras por semana.
2-Intentar la posición invertida, lo que puede ser agotador en 1 inicio, pero tiene la ventaja de tener 1 ROM mas corto (la cabeza te impedirá tener el rango completo en 1 handstand push up).
3- En caso que igual intentes la press militar sería mejor que lo hagas con dumbells(mancuernas) en vez barbell(barra olímpica). De nuevo, el trabajar con dumbells acorta el Rango del movimiento, haciendo más seguro el ejercicio y menos fatigoso/desgastante para la articulación.
No temas empezar por pesos ligeros. Se trata de tu salud. Aunque suene a burla, la única vez que fui a 1 gym, empezé el press de banca con 10 miserables kilos mas la barra. ¿Para qué? Pues para familiarizarme con el patrón de movimiento, afinar detalles, e ir progresando gradualmente en reps y peso. (Tenía que dar unos exámenes físicos, cuya estándar de élite era hacer 20 repeticiones con 30 kilos, así que había que alcanzar primero la resistencia muscular, y luego la fuerza bruta necesaria para incrementar el peso en ese orden.) En este caso, saliendo de una lesión, lo mejor es adaptar los tejidos suaves y tendones con pesos ligeros inicialmente y buen n° de reps. Luego si ves que aguantas, pues subes con prudencia los pesos... Hasta cuando
Bueno, pal press militar no creo que existe una alternativa que no sea levantar por sobre la cabeza, yo te iba a recomendar el press militar con mancuernas. Igual hay ejercicios como las elevaciones laterales, frontales y face pull que trabajan los hombros, pero siempre será "mejor" el press militar.