en terminos entendibles.... si tienes solo una unidad C y deseas formatearla te rocomiendo que respaldes en algun otro lugar tus archivos ya sea un pendrive, Disco Duro externo, otro PC, CD, DVD, etc. antes de formatearla por que se eliminan todos los archivos y comienzas de cero...
ahora tratando de contestar tu pregunta... lo ideal seria que particionaras tu disco ejemplo Unidad C: y Unidad D:, en donde alojes el Sistema Operativo, programas y otras cosas menos importantes en la unidad C y los archivos ya sean imagenes, documentos, musica, videos, etc. en la Unidad D, esto con el fin de que si posees problemas con tu SSOO o cualquier cosa que te pueda suceder con respecto a esa unidad no pierdas la informacion que posees en la unidad D, es decir en pocas palabras cuando formateas una unidad solo lo haces a la c que es donde posees tu SSOO y D que es donde posees tus archivos la dejas intacta y no tendras necesidad de respaldar nada...
y ahora si deseas tener dos windows instalado en distintas particiones lo puedes hacer sin ningun problema y al momento de arrancar el equipo te enviara a una pantalla negra donde te pedira seleccionar el Sistema Operativo con el cual deseas ingresar pero te recomiendo mejor tener un Windows instalado y el resto si deseas mantener mas sistemas operativos te recomiendo manejarlos a travez de maquinas virtuales con un VMWare o VirtualPC puedes buscar info en la web sobre eso.