me ha pasado esactamentelo mismo que tu
lo que puedes a ser es muy facil. obviamente tu wea e pendrive esta infectado y todala cosa, mete el pendrive en cualquier pc y vete a las opciones de carpetas, en la pestaña ver activas la opcion de ver archivos y carpetas ocultas y toda la chaya, despues en configuracion avanzada o algo asi desactivas todas las opciones que dicen ocultar..creo que son como 3 y le das aceptar ...
despues de eso veras las carpetas que aparecian como acceso directo en modo oculto asi un poco borrosa, entonces respaldas esos archivos en tu pc y formatea la wea de pendrive y vuelves a pegar todo eso...
AHORA....
si vuelve aparecer eso, hazla corta , descargas una aplicacion que se llama elistara que esta en el siguiente link
http://www.zonavirus.com/descargas/elistara.asp te vas a la opcion descargar al ultimo abajo, y esta aplicacion te elimina todo lo que esa infectado en tu pendrive, ojo que esta aplicacion desaparece automaticamente despus de un tiempo limitado de uso y tendras que descargarla nuevamente, la contraseña paradescomprimir la aplicacion descargada es
www.zonavirus.com , esta aplicacion no se instala, es ejecutable, y al abrirla dale aceptar a todo yes yes yes yes o si si si aceptar y bla bla bla, despues se abrira una ventanita que te pide que quieres revisar, ovbiamente pones la unidad del pendrive y le das a explorar y el elistara solito te busca virus, troyano y bla bla, es muy buena la aplicacion, la recomiendo 100% cuando los pendrive estan infectados, tb puedes revisar la unidad c del equipo..
RECUERDA
que el antivirus no lo es todo, no basta con tener un antivirus instalado y dejar al computador por si solo, siempe debes tener a la mano aplicaciones como esta...