Pura ignorancia, el open source es mucho más seguro, y aunque es imposible tener un sistema invulnerable, los errores en el open source se corrigen más rápido. Por algo Google, Facebook e incluso el mismo Microsoft utilizan software libre. El que Windows sea más popular es un factor más, pero es UN HECHO de que Windows es mucho más inseguro que Linux y cualquier sistema unix, por algo los grandes servidores ocupan Linux.
Alguien podrá decir "Pero Android es Open Source y los teléfonos android son súper inseguros"... si, pero eso no hace más que verificar la tesis de que el open source es más seguro, porque cuando se encuentra una vulnerabilidad en Android, se resuelve muy rápidamente, el tema es que los fabricantes no siempre ofrecen actualizaciones de seguridad de forma oportuna. Es lo mismo que pasa con windows, ya que es una empresa privada y no se ofrecen actualizaciones de seguridad tan rápidamente como si se ofrece en distribuciones de Linux con su sistema de paquetes avanzado manejado por mucha gente. Las empresas no pueden ofrecer actualizaciones tan rápidamente como si lo pueden hacer las comunidades.
Además en un sistema código fuente libre cualquiera puede analizar y encontrar fallos, eso hace que mas fallos salgan a la luz y mas se puedan corregir, en un sistema cerrado los fallos que se hacen públicos son los que ellos quieren que sean públicos, nadie mas que ellos puede analizar su código. Eso es una gran ventaja para el open source.